化肥廠廢水中的主要超標污染物指標為氨氮、硫化物、和總氰化物，水質具有氨氮含量高并含有有毒的總氰化物及硫化物的特點;且此類廢水的可生化性較差(主要是化學需氧量較低和氨氮含量較高)。在化肥廠廢水的控制技術中，常用的方法有吹脫法、生物法、折點加氯法、吸附法和離子交換法等。各種廢水處理的方法各有利弊。工程設計方需根據實際情況選擇合適的工藝對化肥廠廢水進行設計、處理。廢水先經過生化處理后通過超濾系統對其進行過濾處理，最后通過RO系統處理，進一步降低COD、氨氮，以達到企業的預期目標。
在廢水處理過程，建議用PAC聚合氯化鋁+PAM聚丙烯酰胺的組合，污泥脫水段一般建議用陽離子聚丙烯酰胺，推薦用中等電荷陽離子聚丙烯酰胺