碳源不足導致生化處理單元的脫氮除磷效果不能達到理想狀態，從而影響出水水質的穩定。生化處理為什么需要碳源，要從生化過程理解。生物脫氮，是反硝化細菌利用亞硝化細菌和硝化細菌聯合作用生成的硝酸鹽混合液，在缺氧條件下分解碳源產生的能量，將硝酸鹽轉換成氮氣；生物除磷，是聚磷菌在厭氧條件下分解進水中的碳源等營養物質合成自身的能量同時釋放體內的磷，再在好氧條件下利用合成的能量超量吸收磷，通過排除剩余污泥，達到除磷的效果。
所以，碳源是影響生化過程脫氮除磷能力與效率的主要因素，碳源不足，將影響脫氮除磷最佳效果的實現。在污水處理工藝中，如果碳源不足，通過外加碳源來提升水質凈化效果。常用的外加碳源有甲醇、乙酸鈉、酒業廢水、乙酸鹽、淀粉、葡萄糖和食品加工廢水等。另一種方式是內加碳源，指的是在污水處理凈化中直接借助污水處理中的自身性元素進行污水處理凈化，常見的污水處理內加碳源凈化選擇有污水水解和污泥水解兩種。